Twintig jaar na de gebeurtenissen uit Xcom: Enemy Unknown ontwaak je aan boord van een nieuw Command Center, waar het lijkt of je op de oude voet verder kunt. Je bent opnieuw leider van Xcom, maar de organisatie vormt nu het ondergrondse verzet tegen de Alien-machthebbers.
Niet alleen het verhaal is anders, ook aan de gameplay is het nodige veranderd. Centraal thema is dat de ontwikkelaar de game afwisselender wilde maken. Dat weerspiegelt zich in de nieuwe Proving Grounds, in de procedureel gegenereerde maps, en in veel kleine wijzigingen in de opzet van de game.