De Metroid-serie is een van de oudste series uit de stal van Nintendo en draait rond premiejager Samus Aran, de jacht op de kwalachtige Metroids en de eeuwige vijanden van Samus: de Space Pirates. De allereerste game kwam in 1986 uit in Japan op het Famicom Disk System, kreeg een vervolg in 1991 en de serie leek afgesloten in 1994 met de release van Super Metroid op de Super Nintendo. Flink wat jaren later werd het stof van de franchise afgeblazen toen Metroid Prime in 2002 werd uitgebracht, gevolgd door Metroid Prime 2: Echoes in 2004.
Met Prime werd de serie met succes naar een driedimensionale omgeving gebracht op de Gamecube, en werd de verhaallijn verder uitgediept. Dit eerste deel speelde zich af op de wereld Tallon IV, waar een komeet met het radioactieve materiaal Phazon was neergestort. Gaandeweg leerde Samus Aran wat er was gebeurd: de buitenaardse Chozo die op de planeet leefden voor de inslag hebben het uiteindelijk niet overleefd en een deel van de planeet is al gecorrumpeerd door Phazon. De aanwezigheid van Phazon heeft ook de aandacht van de Space Pirates getrokken, die het goedje en de aanwezige Metroids voor experimenten gebruiken.

Aan het einde van het spel moet de 'Metroid Prime' uit de titel verslagen worden. Het gemuteerde monster neemt de Phazon Suit-upgrade, die Samus beschermt tegen Phazon, mee zijn graf in en Samus ontsnapt van de planeet. Indien de speler het spel voor de volle honderd procent heeft uitgespeeld - dus alle voorwerpen en wezens heeft gescand en alle upgrades heeft verzameld - is te zien hoe uit de overblijfselen van Metroid Prime een duistere variant van Samus opstaat.
Deze Dark Samus maakt in Metroid Prime 2: Echoes haar opwachting. Er is een komeet, inmiddels bekend als een Leviathan Seed, neergestort op de planeet Aether waar de Luminoth leven. Door de werking van Phazon is de planeet verscheurd in twee dimensies: een duistere kant waar de Ing leven, en de oorspronkelijke wereld van de Luminoth. Samus Aran redt de planeet en verslaat de keizer van de Ing en Dark Samus, maar in een vergelijkbaar unlockable eindfilmpje is te zien dat laatstgenoemde wederom terug zal keren.
Na deze geschiedenisles kunnen we beginnen aan het derde en laatste deel. Samus is samen met haar collega's Ghor, Rundas en Gandrayda aan boord van een schip in de vloot van de Galactic Federation. Het duurt niet lang voordat de vloot wordt aangevallen, en nadat de aanval is afgeslagen moeten de premiejagers naar Norion omdat een Leviathan Seed dreigt neer te storten op deze planeet. Vlak voordat deze dreiging kan worden afgewend, duikt Dark Samus op en takelt ze de premiejagers flink toe. Een gewonde Samus kan nog net op tijd de planetaire lasers activeren en de Leviathan vernietigen voordat ze bewusteloos raakt.
Zodra Samus ontwaakt, krijgt ze te horen dat zij en de andere premiejagers door Dark Samus zijn geïnfecteerd met Phazon. De Federation heeft daarom een Phazon Enhancement Device ontwikkeld en geïnstalleerd op Samus en haar collega's, zodat ze niet alleen in leven blijven maar zelfs de infectie in hun voordeel kunnen gebruiken met een 'hypermode'. Er zijn nog meer Leviathan Seeds neergestort op andere planeten, en Ghor, Rundas en Gandrayda worden erop uit gestuurd om deze onschadelijk te maken. Sindsdien is er niets meer van ze vernomen, dus is het aan mevrouw Aran om orde op zaken te stellen.