Third party-koptelefoons met inline-bediening van Griffin werken niet op de nieuwe versie van de iPod Shuffle, ondanks dat de connector zelf fysiek gelijk is. Mogelijk heeft Apple bij de nieuwe iPod Shuffle de elektrische interface aangepast.
Eigenaars van de nieuwe iPod Shuffle die een bestaande third party-koptelefoon met inline-bediening willen gebruiken, zoals de Griffin SmartTalk, komen bedrogen uit: deze werkt namelijk niet op de nieuwe iPod Shuffle. Een afstandsbediening in het snoer van de koptelefoon is nodig omdat de nieuwe versie van de Shuffle op de behuizing zelf geen bedieningselementen heeft. Overigens lijkt alleen de bedieningsinterface niet te werken, aangezien volgens Boing Boing een gewone headset, zonder bediening in het snoer, wel muziek laat horen. De iPod Shuffle moet hiervoor echter wel uit en aan worden gezet, en tijdens het afspelen kan de gebruiker de muziek niet stoppen, pauzeren of skippen.
Volgens de reviewers van iLounge zou de beperking een gevolg zijn van een autorisatiechip die Apple in de afstandsbediening heeft verwerkt. Fred von Lohmann van de EFF zegt dat de chip aanwezig is zodat Apple de Dmca-wet in stelling kan brengen tegen makers van headsets die de interface via reverse-engineering willen namaken.
Overigens heeft Griffin officieel nog geen producten die compatibel zijn met de nieuwe iPod Shuffle, maar is de SmartTalk wel compatibel met onder meer de iPhone, de iPhone 3G, de vierde generatie iPod Nano, de tweede generatie iPod Touch en de 120GB iPod Classic. Griffin en Apple waren niet bereikbaar voor commentaar.
Headsets van onder meer Etymotic, JVC en Sennheiser, en Apples eigen in-ear-koptelefoon met afstandsbediening en microfoon zijn volgens de Apple-site wel compatibel met alle iPods. Ook andere fabrikanten, zoals Monster Cable, hebben aangegeven de nieuwe iPod Shuffle te ondersteunen in hun koptelefoons.