Ten eerste: gaaf artikel. Maar je wijst inderdaad een redelijke fout in het tweakers-artikel aan, ookal is het nu al wat aangepast. Er staat nu:
Die detectie gebeurt uiteindelijk doordat de replicatie van het rna de zuurgraad van het bloed verandert. Bij de productie van nieuw rna ontstaan namelijk waterstofatomen, die het bloed zuurder maken. Een ingebouwde sensor detecteert die verandering in de zuurgraad, en kan zo de conclusies trekken over de virusniveaus in het bloed.
Wat er gebeurt, is dat bloed van een patiënt wordt genomen, en dat uit dat bloed RNA wordt geïsoleerd. Dat RNA wordt opgeschoond en daarna in een soort polymerase-kettingreactie gebracht (in een handige isotherme variant op PCR, die op USB-stroom kan draaien). Zulke reactie werken alleen met DNA, niet met RNA. Daar wordt het RNA zoals Joey1203 juist zei eerst omgezet in cDNA (die "c" betekent gewoon "copy", cDNA is dus eigenlijk altijd een DNA kopie van iets dat eerst RNA was). Dat cDNA is dan substraat voor de kettingreactie-vermeerdering, en die vermeerdering gaat exponentieel (2 wordt 4 wordt 8 wordt 16, je kent het wel). Uiteindelijk heb je heel veel kopietjes van het DNA (en nog steeds maar één bron-RNA, want die vermeerdert niet).
Het artikel zelf noemt over zichzelf ook als nadeel "... before the method can be considered suitable for field use, it will need to be integrated with an efficient RNA extraction method capable of achieving high yields of nucleic acid from peripheral blood." (voorlaatste paragraaf, derde zin).
Joey1203 heeft ook groot gelijk over ionen versus atomen. Atomen ontstaan misschien in de kernen van sterren of zo, niet op USB-stroom.
Wat ik me meteen afvroeg, is: "waarom komt er H
+ vrij, eigenlijk? Althans, waarom komt er een watertsof ion dat niet meteen water maakt met de OH
- die ook vrijkomt?" Ik heb citaat 10 gevolgd, en die maakte het ook niet duidelijk (paywall). Maar 10 citeerde dan weer US008685228 (een octrooi uit de USA, met wat zoekwerk gratis in te zien) en daaruit leerde ik dat het met de-deoxynucleotiden werkt. Dat is een bouwsteen voor DNA die bij wijze van spreke een OH- mist, waardoor de keten niet meer verder kan groeien. De grap is dan dat er geen OH- vrijkomt om de H
+ op te vangen tot water, en dat er dán dus inderdaad een H
+ vrijkomt die de pH ook echt verlaagt. Het is dus niet de insertie van elke nieuwe bouwsteen die je meet, maar het termineren van ketens via een dedeoxy-nucleotide. De insertie van elke losse nucleotide zie je leuk als zichzelf-herstellende pulsjes in je detector (omdat de H+ vrijkomt en dan meteen weer gevangen wordt). Pas bij een keten-terminatie wordt ie niet meer opgevangen (zie figuur vier van dat octrooi dat ik boven noemde).
Hoe repareren we dan de allinea uit het artikel? Voorstel, waarin we de zin voor de paragraaf ook aanpassen:
Door het bestaande rnaRNA te isoleren en daarna te repliceren kan het vervolgens worden gedetecteerd.
Die detectie gebeurt uiteindelijk doordat de replicatie van het rna genetisch materiaal de zuurgraad van het bloedde oplossing verandert. Bij de productie van nieuw rna ontstaanelke nieuwe keten komen namelijk waterstofatomenionen vrij, die het bloedde oplossing zuurder maken. Een ingebouwde sensor detecteert die verandering in de zuurgraad, en kan zo de conclusies trekken over de virusniveaus in het oorspronkelijke bloed.
Door het geen RNA meer genetisch materiaal te noemen, ontwijk je dat je moet zeggen of iets RNA of DNA is. Zo ook met "nucleïnezuur". Lekker er omheen praten, dan heb je sowieso gelijk.
Supertoffe uitvinding! Waar fysici, micro-fabricanten (materiaalkundige chemici), en biologen samenwerken gebeuren vaak de spannendste dingen. Vaak zie je dan dat de bioloog het probleem identificeert, de chemicus een oplossing voorstelt, de fysicus de techniek levert, de chemicus die toepast, en de bioloog daarna valideert of zijn probleem ook echt opgelost is. Iedereen werkt samen, en iedereen erkent dat de ander beter is in hun eigen vakgebied, maar dat dat juist synergie oplevert.
En probeer maar eens beurzen te krijgen voor zulk onderzoek... Krijg je nooit, want het chemische panel snapt je niet, het biologische panel gelooft je niet, en het fysische panel heeft sowieso geen geld voor beurzen. Tot zover deze side-rant over onderzoek in Nederland.
Trouwens, Joey1203, je hebt veel gelijk, maar:
"In biochemische reacties spreek je eigenlijk altijd van vrijkomen, moleculen ontstaan niet."
Boude uitspraak onder een artikel waarin DNA polymerase een centrale rol speelt. Komt bij polymerisatie de nieuwe DNA keten ook vrij dan, denk je? Of ontstaat die toch? De paper zelf heeft het ook over "...and the hydrogen ions
produced during DNA polymerisation are detected and quantified via the on board ISFET." (intro, 4e paragraaf, 2e zin - onderstrepen zelf toegevoegd).
Edit: de sarcastische opmerking richting Joey1203 naar het einde verplaatst, om een oprecht bedoelde poging het artikel te verbeteren niet te openen met een "dis" naar een andere commentator, die verder vooral veel gelijk had. Stond eerst bovenaan (toen wist ik nog niet dat ik het hele bron-artikel zou napluizen).
[Reactie gewijzigd door Stygeon op 22 juli 2024 14:07]