Wie naast het schieten in Borderlands 3 ook iets nuttigs wil doen, kan zijn hart ophalen met Borderlands Science. Dit is een puzzlegame in het spel, waarmee spelers wetenschappers kunnen helpen om het dna van microben in kaart te brengen en fouten op te sporen.
Borderlands Science is een mini-game die voor Borderlands 3-spelers toegankelijk is via een slotmachine in het Sanctuary III-ruimteschip. Dit onderdeel heeft Gearbox Software gemaakt in samenwerking met de McGill-universiteit, Massively Multiplayer Online Science en The Microsetta Initiative. Door de puzzelgame te spelen, worden wetenschappers geholpen met hun onderzoek naar het dna van microben.
In het spel draait het om relatief eenvoudig ogende blokpuzzels die gebaseerd zijn op dna-strengen van microben; deze data is afkomstig van monsters van menselijke ontlasting. Computers hebben de data al geanalyseerd en gerangschikt, maar zijn daar volgens wetenschappers niet heel geschikt voor; bij het in kaart brengen van de data van verschillende microben met vergelijkbaar dna maken ze kleine foutjes. Aan de spelers de taak die foutjes te herstellen.
De wetenschappers hebben miljoenen dna-sequenties die elk 150 nucleotiden bevatten. Nucleotiden zijn de bouwstenen van dna en rna. In deze sequenties zitten kleine fouten als gevolg van de computeranalyses. De dna-strengen zijn in het spel teruggebracht tot individuele, gekleurde tegels. Aan de speler de taak om zoveel mogelijk tegels van dezelfde kleur in een lijn te brengen.
Na het halen van een doelscore krijgt de speler ook een beloning die in Borderlands 3 een voordeel oplevert. Maar ook zonder het halen van de score wordt de wetenschap geholpen; het is niet altijd mogelijk om alles perfect in een lijn te brengen, maar door het spelen worden de fouten in de computeranalyses geïdentificeerd. Dat helpt wetenschappers om betere algoritmes te maken.