Een aantal ontwikkelaars heeft versie 1.0 van een opensource-implementatie van Microsofts gepatenteerde exFAT-bestandssysteem vrijgegeven. De exFAT-implementatie, die draait binnen FUSE, is onder andere beschikbaar voor een aantal Linux-distributies.
Het exFAT-bestandssysteem is in 2006 door Microsoft uitgebracht en is geoptimaliseerd voor het lezen en wegschrijven van data van en naar verwisselbare flashmedia. Ook rekent exFAT af met de diverse beperkingen van de fat- en fat32-bestandssystemen. Zo kan exFAT een maximale theoretische opslagcapaciteit van 64ZB hanteren, terwijl met fat32 ingedeelde partities blijven steken op 2TB. Ook de maximale bestandsgrootte van 4GB kwam met exFAT te vervallen.
Bij het vaststellen van de sdxc-standaard, waarbij tot 2TB naar een sd-flashkaartje kan worden geschreven, werd exFAT als standaardfilesystem gekozen. Microsoft vraagt echter in het bijzonder aan hardwarefabrikanten een vergoeding voor het gebruik van zijn bestandssysteem en kwam in 2009 met een bijbehorend licentiemodel. Onder andere Sharp, Sony, Canon en Panasonic nemen licenties af voor exFAT. Sommige bedrijven zoeken echter naar alternatieve bestandssystemen voor flashmedia, zoals het nog jonge f2fs-bestandssysteem van Samsung.
Om binnen Linux-besturingssystemen toch ondersteuning te kunnen bieden voor onder andere sdxc-media en usb-sticks zonder exFAT direct in de kernelcode op te nemen, en dus licentieproblemen te voorkomen, heeft een aantal ontwikkelaars een FUSE-implementatie gebouwd. Versie 1.0 is inmiddels vrijgegeven. FUSE biedt elke Linux-gebruiker de mogelijkheid om binnen de user space toegang te krijgen tot 'Linux-vreemde' bestandssystemen. Bovendien zijn er diverse ports beschikbaar van FUSE, waaronder een OS X-implementatie onder de naam Fuse4X.
Volgens de ontwikkelaars van exFAT voor FUSE biedt hun implementatie van het bestandssysteem volledige lees- en schrijfmogelijkheden naar exFAT-media. De aanvullende tool exfat-utils maakt het verder mogelijk om partities aan te maken en te manipuleren. Verder zouden in versie 1.0 de schrijfprestaties fors zijn verbeterd. De broncode is beschikbaar onder een GNU GPLv3-licentie, terwijl de code ook voor een aantal populaire Linux-distributies direct is te downloaden.