De installatie van de WaterCube is een relatief gemakkelijk proces. Doordat het merendeel van de onderdelen geïntegreerd is in de kubus hoeft er weinig meer te gebeuren om de rest van de set te installeren. Het is een kwestie van de slang op maat snijden, de twee koelblokken monteren en de slangen tussen de onderdelen bevestigen. Het monteren van de koelblokken is geen moeilijke opgave. Het processorkoelblok maakt gebruik van het standaard mechanisme dat aanwezig is bij het socket. In het geval van een Pentium 4 houdt dit in dat het koelblok op de processor gezet kan worden, de beugel op het socket geklikt kan worden waarna het koelblok met een schroef stevig vastgezet kan worden. De installatie van het videokoelblok stelt ook niet veel meer voor dan het vastdraaien van twee schroeven.
Wanneer de koelblokken vastgezet zijn is de volgende stap het installeren van de slangen. Dit is eveneens geen moeilijke opgave aangezien de koelbloken en de koelunit uitgerust zijn met slangaansluitingen waar de slang simpelweg ingeduwd kan worden om een lekvrije verbinding te maken. Het is niet nodig om moeilijk te doen met slangklemmen. Vervolgens kunnen alle kabels verbonden worden met de koelunit. Om het waterkoelingsysteem te laten werken is het alleen nodig dat de koelunit voorzien wordt van stroom, maar om maximaal gebruik te kunnen maken van alle features kunnen drie temperatuursensoren verbonden worden en vier extra ventilatoren.
De laatste stap van de installatie van het systeem is het vullen ervan. Meegeleverd door Levicom is een flesje “Cool Stuff”, een vloeistof die ongetwijfeld als functie het tegengaan van algengroei en corrosie heeft. Het vullen van het systeem is een spreekwoordelijk fluitje van een cent, maar waar echter voor uitgekeken moet worden is dat er niet teveel vloeistof ingegoten wordt. De afsluitdop van het reservoir is namelijk niet waterdicht waardoor het systeem kan gaan lekken als er teveel vloeistof aanwezig is.
