Het interieur van de MasterCase 5 en Pro 5 is in beginsel hetzelfde. Het eerste wat opvalt, is de compartimentering; de voeding heeft zijn eigen compartiment gekregen en is van de rest van de behuizing gescheiden door middel van een doorlopende metalen plaat. Dat metaal is in de MasterCase overigens een stukje steviger dan we in veel behuizingen gewend zijn; Cooler Master past dikker secc toe dan gebruikelijk. De zijpanelen zijn 0,8mm en de overige plaatdelen zijn 0,7mm dik, koudgewalst staal. Het onderste compartiment biedt plaats aan de voeding en de kabels daarvan. Om de kabels naar het moederbord te voeren kun je de voedingskabels achterlangs leiden, maar voor de videokaarten zitten er ook met rubber afgedichte openingen in de scheidingswand.
Het moederbord wordt vanzelfsprekend op de corresponderende plaat bevestigd. Die plaat heeft een grote uitsparing voor de bevestiging van koelers met backplate, en tussen de moederbordplaat en het rechterzijpaneel is ongeveer 25mm ruimte voor bekabeling. Die kabels trek je weer door met rubber afgedichte gaten en het moederbord zelf bevestig je op deels voorgeïnstalleerde afstandsbusjes. Helaas zijn die niet zwart gespoten, maar koperkleurig, wat als enige afwijkt aan de verder volledig zwarte behuizing. Schroeven, rubbers, kabels en roosters zijn allemaal zwart.
Aan de voorzijde verschillen de MC 5 en MC Pro 5. De Pro 5 heeft twee 140mm-ventilators voorgeïnstalleerd, de 5 slechts één. Dat is niet het enige verschil; bij de Pro 5 worden twee drivecages meegeleverd: een voor drie drives en een voor twee drives. Bij de MasterCase 5 is dat beperkt tot één drivecage voor twee drives. Dat mogen zowel 2,5"- als 3,5"-drives zijn. De drivecages zelf worden volledig flexibel in een rails aan de voorkant bevestigd. Een reeks gaten, veertien met de 5,25"-bays op hun plaats, geven je evenzoveel posities om de drivecages te bevestigen. Cooler Master noemt dit systeem het Freeform Modular System. Wil je het hele bovencompartiment vrijhouden van harde schijven, dan kun je de dubbele drivebay ook in het voedingscompartinent bevestigen.
Cooler Master levert twee drivetrays speciaal voor 2,5"-schijven. Die kunnen worden vastgeschroefd op de scheidingsplaat tussen de twee compartimenten, maar kunnen ook aan de achterkant van de moederbordplaat worden bevestigd. Leuk detail van die trays is dat je geen schroeven nodig hebt om de ssd's te bevestigen; ze worden in de tray geklemd. De trays zelf kun je met een enkel kartelschroefje vastmaken. Die kartelschroeven blijven in de tray vastzitten, net als alle andere kartelschroeven waarmee de zijpanelen en drivebays vastzitten. Zo raak je nooit schroeven kwijt. Er zijn twee uitzonderingen op die regel; de 5,25"-drivebay en de afdekplaatjes voor de uitbreidingsslots zitten met gewone, losse kartelschroeven vast.
Het totale aantal te installeren drives voor de MasterCase 5 bedraagt standaard drie 3,5"-drives, twee tot vijf 2,5"-drives en twee optische drives. De MasterCase Pro 5 kan dankzij de extra cage voor drie 3,5"-drives logischerwijs drie 3,5"- of 2,5"-drives extra herbergen. Als dat niet genoeg is of je wil juist geen drivecages voor twee of meer 3,5"-drives inbouwen, dan kun je een accessoire kopen dat het mogelijk maakt om een enkele harde schijf op de bodemplaat te monteren. Die bracket kan een 3,5"- of 2,5"-drive bevatten. Ook is het mogelijk om losse 2,5"-brackets te kopen.