Er zijn nog andere soorten sidequests. Bij Mayhem is het de bedoeling zoveel mogelijk schade te veroorzaken, bij Tiger Escort moet je zo snel mogelijk racen zonder al teveel schade op te lopen, wat bij Trailblazing juist bonussen oplevert. Ook in Insurance Fraud draait het om racen, terwijl je Guardian Angel vanuit een heli je manschappen op de grond moet beschermen door vijanden neer te schieten met elk wapen dat maar voorhanden is.
Daar tussendoor is dus de verhaallijn verweven, die tot uiting komt in aparte missies. Tijdens die missies ben je technisch gezien niet langer in de open spelwereld. De verhaalmissies zijn geheel gescript en vinden plaats in losse levels die alleen in naam in Steelport zijn gesitueerd. De verhaalmissies zijn vooral spectaculair. Zoals de openingsquest duidelijk maakt, waarin er al een shoot-out ontstaat zodra je bij de bank aankomt. De shoot-outs worden regelmatig onderbroken door stukken cutscene, bijvoorbeeld om de deur van de kluis op te blazen. Als dat niet genoeg spektakel biedt, besluiten de Saints om de kluis in zijn geheel met een vrachtheli uit het bankgebouw te tillen. Die operatie verloopt uiteraard niet zo soepel als gedacht en gaat opnieuw gepaard met de nodige beschietingen. Dat is nog steeds niet alles, maar de insteek moge duidelijk zijn.
Zonder parachute
Hetzelfde geldt voor een volgende missie, die al snel volgt op de bankroof. Daarin start je aan boord van een vrachtvliegtuig. Na een flink vuurgevecht beland je in het ruim, om niet lang daarna zonder parachute richting aarde te storten. Je dient dan tussen de haast oneindige hoeveelheid vracht door te navigeren, op zoek naar de dame waar je mee op pad was, in de hoop dat haar parachute het gewicht van twee mensen kan houden. Ook dat is slechts het begin van nog veel meer spektakel dat plaatsvindt, nog voor je weer veilig voet op vaste bodem zet. Dat de verhaalmissies zo spectaculair en gevarieerd zijn, is dus mogelijk doordat Volition ervoor heeft gekozen om de de quests technisch gezien buiten de open spelwereld te plaatsen. Volition probeert er vooral mee te voorkomen dat missies saai worden. Verwacht geen missies waarin je iemand van A naar B moet brengen of ergens naartoe moet rijden om een enkele bad guy om te leggen of een pakketje af te leveren. De verhaalmissies zijn lang, afwisselend en spectaculair.