Cookies op Tweakers

Tweakers maakt gebruik van cookies, onder andere om de website te analyseren, het gebruiksgemak te vergroten en advertenties te tonen. Door gebruik te maken van deze website, of door op 'Ga verder' te klikken, geef je toestemming voor het gebruik van cookies. Wil je meer informatie over cookies en hoe ze worden gebruikt, bekijk dan ons cookiebeleid.

Meer informatie

Folding@home behaalt 470 petaflops aan rekenkracht

Het Folding@home-project heeft door het beginnen van een gedistribueerd coronavirus-researchproject een totaal van 470 petaflops aan rekenkracht tot zijn beschikking. Daarmee beschikt het project over twee keer meer rekenkracht dan de Summit-supercomputer.

Met Folding@home kunnen gebruikers de rekenkracht van hun pc's inzetten voor onderzoek naar complexe ziekten. Eerder deze maand meldden de wetenschappers achter Folding@home dat er een speciaal project is opgezet voor research naar het coronavirus. Sindsdien is het aantal vrijwilligers voor het project flink gestegen, zo meldt de director van Folding@home, Dr. Greg Bowman, op Twitter.

Voor de uitbraak van het coronavirus, meldde Greg Bowman dat Folding@home dertigduizend actieve vrijwilligers had, die gezamenlijk goed waren voor zo'n 100 petaflops aan rekenkracht. Inmiddels doen vierhonderdduizend vrijwilligers mee aan het project, waarmee de totale rekenkracht dus uitkomt op 470 petaflops. Het gros van de rekenkracht wordt gebruikt voor het coronavirusproject.

Ter illustratie: de Summit-supercomputer van het Oak Ridge National Laboritory, momenteel de krachtigste supercomputer ter wereld, haalt piekprestaties van 200 petaflops. Bij een Linpack-benchmark haalt de computer 148,6 petaflops, schrijft Techspot. Summit zelf wordt inmiddels ook ingezet voor onderzoek naar het coronavirus.

De Dutch Power Cows hebben ook een Folding@home-team. Gebruikers kunnen hieraan meedoen door zich in te schrijven voor Team 92. Om mee te werken aan een vaccin voor covid-19, dienen gebruikers te folden voor 'Any disease'. Gebruikers kunnen inmiddels hun gpu en cpu inzetten voor het coronavirusproject. De client kan hier gedownload worden.

Door Daan van Monsjou

Nieuwsposter

22-03-2020 • 14:56

263 Linkedin

Submitter: robvanwijk

Reacties (263)

Wijzig sortering
Voor de mensen met Docker is het zeer gemakkelijk om je server in te zetten voor dit project omdat je het ook vanuit een Docker container kan draaien:

https://hub.docker.com/r/johnktims/folding-at-home
om je server in te zetten voor dit project
Let wel even op dat de meeste webhosters er niet blij mee zijn als je zulke software op hun (virtuele) servers draait.
Moet je toch zelf weten?
Je betaald tenslotte voor x rekenkracht, Dat die 9/10 niet of nauwelijks gebruikt wordt is een ander verhaal.
Dat is zeer afhankelijk van de algemene voorwaarden en fair use policy van je hosting provider.
Bij de meeste hosting providers heb je ook unlimited opslag en bandbreedte, maar dat betekent niet dat je al je vakantievideo's in 4k60 moet gaan streamen of Call of Duty op moet zetten. Dat wordt ook wel fair use genoemd, en anders wordt je projectje offline gehaald en moet je even aan support uitleggen hoe alles zit ;)
Denk dat hij doelt op thuis servers ;)
alternatief https://hub.docker.com/r/linuxserver/foldingathome
Blogpost bij image; https://blog.linuxserver..../covid-19-a-quick-update/

De LinuxServer images zijn ook altijd wel noemenswaardig.
Houden hun images via CI pipelines altijd mooi up-to-date en uniform qua docker setup.
Geven ook goede support via Discord wanneer je problemen hebt met opzet van hun images.

[Reactie gewijzigd door faxityy op 23 maart 2020 02:28]

Afgelopen weekend heb ik een "Helm Chart" gemaakt voor het installeren van de Folding@Home software op Kubernetes Clusters.
Het maakt gebruik van een zogenaamde `StatefulSet` waarbij rekentijd niet verloren zou gaan bij een node failure of het reschedulen van de workload naar een andere node.
Dit is uitermate handig als je bijvoorbeeld op AWS gebruik maakt van Spot Instances.

https://github.com/pcktdmp/charts

Bedrijven, instanties of individuen met Kubernetes clusters welke rekencapaciteit willen doneren wordt het hiermee toegankelijker gemaakt.
Maar hoe werkt dat? Is er één instantie die gebruik kan maken van al die rekenkracht? Of zijn we met z'n allen één bepaalde moeilijke berekening aan het uitvoeren? Kunnen wetenschappers over heel de wereld hier gebruik van maken? Waar gaan we naar op zoek, vaccin voor Corona?
Het is opgericht door een universiteit in de VS (kan me niet herinneren welke). Die vertelt jouw pc ook welke taak jouw pc moet uitvoeren.

Wat je pc doet, is dat het virtueel eiwitten gaat vouwen. Na het vertalen van je genetisch materiaal in een eiwitketen, is dit nog een rechte lijn. Om het daadwerkelijk een functie te geven, moet die keten eerst een specifieke vorm krijgen; een langgerekte vezel voor je spieren, of een bolachtig dingetje dat zuurstof vervoert. Zo heeft Sars-Cov2 ook eiwitten die een zeer specifieke vorm hebben om aan hun doelwit -een eiwit aan het oppervlak van je luchtwegen- te binden.

Je voert niet allemaal exact dezelfde taak uit, maar werkt wel met een groot deel aan hetzelfde doel. Eerder vandaag kwam het nieuws dat de vorm van dat ene eiwit van het virus ontdekt is. De volgende stap is het vouwen van een stofje dat ook prima in het 'slot' van dat eiwit past.

(edit= spellingsfoutje)

[Reactie gewijzigd door ikverhaar op 23 maart 2020 19:03]

Spreken we dan over een werkend vaccin als dat stofje in het slotje past?
Nee, dat is geen vaccin. Een vaccin is bedoeld om je immuunsysteem te trainen.
Een dergelijk stofje zou binden aan de 'grijpers' (Spike-proteïnen is de technische naam) van het virus. Dat zorgt ervoor dat het virus geen vrije grijpers meer heeft om je cellen binnen te dringen. Het virus heeft je cellen nodig om zich te vermenigvuldigen, maar dat kan dan dus niet meer.

Je kan het dus beter vergelijken met hoe antibioticia tegen bacteriële infecties werkt; meer een medicijn dan een vaccin.
Er zitten stukjes waarheid in je verhaal maar het totaalplaatje zoals je het schetst klopt niet. Een beetje een klok-en-de-klepel verhaal.

Witte bloedlichamen (of leukocyten) is een verzamelnaam voor alle bloedcellen met een celkern (rode bloedcellen en bloedplaatjes hebben geen celkern). Verschillende witte bloedlichamen vervullen verschillende functies, die verderop in mijn verhaal vanzelf duidelijk worden.

In de initiële besmetting zijn er geen antistoffen in het lichaam voor de onbekende indringer. Een menselijk lichaam bevat lymfocyten waarmee een nieuwe indringer wordt ontdekt. Dit is bij een totaal onbekende indringer de B-cel. De B-cel is een soort brute-force aanval op alle mogelijke antigenen. miljoenen b-cellen met verschillende receptoren voor antigenen bevinden zich te allen tijde in het lichaam.

Het het proces waarin het immuunsysteem van het menselijk lichaam korte metten maakt met een nieuwe indringer, begint met een toevallige binding aan één van deze B-cellen. De B-cel transformeert na de binding in een B-geheugencel. Deze B-geheugencel gaat zich vermenigvuldigen en een deel van de nieuwe cellen transformeert in een B-plasmacel. Deze B-plasmacellen maken massaal antistoffen aan voor deze nieuwe indringer.

Antistoffen zijn immunoglobulinen. Dit zijn eiwitten die als functie hebben een reactie te geven op antigenen. Antigenen zijn de moleculen (dat kunnen eiwitten, maar ook polysacchariden (suikerstructuren) of peptiden (niet-spiraalvormig gevouwen aminozuurketens) zijn) waaraan een bepaalde te bestrijden stof wordt herkend. Dit is niet exclusief voor pathogene of lichaamsvreemde stoffen, ook je bloedcellen hebben antigenen. Immunoglobulinen/antistoffen/antilichamen zijn geen 'stukjes DNA': DNA is een eiwit, maar dat maakt niet dat elk eiwit een stukje DNA is.

Een antistof heeft receptoren voor (= bindt zich aan) de antigenen van hetgeen dat het moet bestrijden. Antistoffen maken deel uit van het immuunsysteem en hebben als functie zich te binden aan de antigenen. Door deze binding kan het antigeen niet meer binden aan de celreceptoren waarmee normaliter de cel wordt binnengedrongen, en het maakt fagocytose eenvoudiger omdat de vaste tak van een antistof een receptor bevat voor fagocyterende cellen, die op die manier makkelijker bij het te vernietigen object kunnen komen. Wat vervolgens gebeurt, is dat de fagocyten van het immuunsysteem de indringer verteren.

Fagocyten zijn non-specifiek, ze zijn enkel specifiek getraind op het herkennen van de vaste tak (de 'zware keten') van antistoffen. of de twee andere takken van de antistof nou gebonden zijn aan een coronavirus of aan een vreemde rode bloedcel zal het witte bloedlichaam worst wezen, zijn taak is om hetgeen waaraan het antistof vast zit te vernietigen.

Kort samengevat: herkenning door B-cel, die verandert in een B-geheugencel en begint te delen, een groot deel van de B-geheugencellen verandert in B-plasmacellen, die gaan antistoffen aanmaken die zich binden aan het antigeen van de indringer, daarmee wordt de indringer onschadelijk gemaakt, en daardoor kunnen de fagocyten (de killer-cellen) de te bestrijden indringer eenvoudiger vinden. Alle genoemde cellen zijn een ander type witte bloedcel.

dan:
het voordeel van een vaccin is dat mocht het virus muteren, de witte bloedcellen zo getraind zijn dat ze vaak de gemuteerde cellen ook aanvallen en vernietigen.
Dat hangt er maar net vanaf hoe een virus muteert. Wanneer er B-geheugencellen aanwezig zijn in het lichaam, zal bij een besmetting door een pathogeen (een ziekmaker) met dezelfde antigenen sneller een immuunreactie op gang komen en zul je waarschijnlijk niet ziek worden.

Het kan zijn dat het DNA wat zich in de virus bevind (wat mogelijk dodelijkere gevolgen heeft dan een eerdere versie van het virus) muteert zonder dat daarbij de antigenen veranderen. In dat geval heb je gelijk: dan zijn er B-geheugencellen in je lichaam aanwezig waarmee een nieuwe infectie direct wordt gespot en de productie van antistoffen meteen op gang komt. Bij een eerste infectie kan dit een aantal dagen duren tot het aantal antistoffen toereikend is.

Maar dat is niet altijd het geval, en het is nog niet duidelijk of dat ook bij dit Coronavirus het geval is. De jaarlijkse influenza is een virus wat heel snel muteert en elk jaar andere antigenen heeft. Daardoor heb je elk jaar opnieuw een griepprik nodig, want de B-geheugencellen van vorig jaar beschermen je niet tegen het gemuteerde influenza-virus.
Als je anti-stoffen toe dient dan herkent een witte bloedcel vaak het virus.
De meeste vaccins zijn geen injecties met antistoffen, maar met een verzwakt, dood, of opgebroken ziekmaker. Een injectie met antistoffen helpt enkel acuut tegen een actieve besmetting (injecties met antistoffen worden ook wel Serums genoemd), maar helpt niet in de opbouw van immuniteit.

Immuniteit wordt alleen bereikt wanneer er een B-cel verandert in een B-geheugencel, en dat kan alleen maar door blootstelling aan het antigeen van de ziekmaker. Sommige injecties bevatten een synthetisch bereide versie van het antigeen, zonder dat er daadwerkelijk een ziekmaker wordt geïnjecteerd (bijvoorbeeld het Hepatitis B-vaccin), sommige vaccins bevatten dode ziekmakers (zoals het difterie-vaccin) en sommige vaccins bevatten levende maar verzwakte ziektemakers (zoals de poliovaccins).
Daarom duurt een vaccin ook langer. Ze maken een zwakke dan wel dode versie van een virus die het lichaam toch als vijand ziet.
Een vaccin duurt lang om te ontwikkelen, maar dat komt niet omdat het lang duurt om te testen of het ook werkt tegen alle mogelijke gemuteerde vormen van een pathogeen. Voor een gemuteerd pathogeen moet een apart vaccin worden ontwikkeld als dat gemuteerde pathogeen andere antigenen heeft.

Een vaccin duurt lang om te ontwikkelen omdat er absoluut geen risico mag zijn dat het vaccin ervoor zorgt dat de ontvanger er toch ziek van wordt, en anderzijds dat het wel in voldoende mate effectief is om het immuunsysteem te triggeren. Vaccins worden hoofdzakelijk toegediend aan jonge kinderen. Het moet niet zo zijn dat een verzwakt pathogeen in het lichaam van een jong kind, waarbij een immuunziekte nog niet is geconstateerd, lang genoeg de tijd krijgt om alsnog uit te groeien tot de gevaarlijke ziekte dat het is.

Anderszijds moet het ook niet zo zijn dat het pathogeen dermate verzwakt is, dat het lichaam het niet als een potentieel gevaar beschouwt en dus geen B-geheugencellen aanmaakt. Dat is ook de reden dat een aantal vaccinaties één of twee keer herhaald moeten worden (de 'boosterdosis'), waarbij een reactie van het immuunsysteem wordt opgewekt. Alles om er maar zeker genoeg van te zijn dat je wél de blootstelling hebt gehad en dus B-geheugencellen hebt aangemaakt, maar dat je er ook zeker niet ziek van kan worden.

Vaccins zijn een van de meest zwaar gereguleerde producten in de Geneesmiddelenwet, en dat is maar goed ook, want je injecteert de lichamen van kleine kinderen, waarvan het immuunsysteem nog in ontwikkeling is, met een verschrikkelijke ziekte. Dan moet elke mogelijke twijfel over de veiligheid worden weggenomen. Dat maakt dat het waanzinnig lang kan duren tot een vaccin op de markt kan komen.
Dank voor dit zeer interessante stuk. Zou je in lekentermen willen/kunnen uitleggen wat wij nu met Folding@Home precies bijdragen?
Graag, bedankt voor je waardering. :)

Folding@Home is een gigantisch project wat groter is dan het onderzoek naar SARS-CoV19 alleen. Eerdere projecten van Folding@Home hebben bijgedragen aan onderzoek naar hoe het biologisch mechanisme werkt waarmee kankercellen op hol slaan om maar wat te noemen. Folding@Home is in principe een gedistribueerde supercomputer met een heel breed toepassingsgebied binnen de biochemie. Er is wel één gemeenschappelijke factor van alle projecten van Folding@Home, en dat is dat alle projecten werk verrichten in het 'vouwen' van eiwitten (vandaar de naam Folding @home).

Ten eerste: Voor meer informatie, lees ook zeker het artikel op de website van Folding@home zelf: https://foldingathome.org/2020/03/10/covid19-update/

Zoals de projectbeschrijving verteld, zijn de huidige onderzoeken gericht op de 'druggable proteïn targets' van SARS-CoV2. Dit is waar het verhaal iets complexer wordt dan zoals ik het in mijn eerdere bijdrage heb gemaakt.

Een virus is opgebouwd/kan opgebouwd zijn uit meerdere onderdelen:
  • Het belangrijkste deel is het stukje DNA of RNA wat het virus in een gastcel wilt inbrengen. Dat stukje DNA of RNA zijn een soort blauwdrukken waarmee een cel het virus gaat nabouwen.
  • Zo'n stukje DNA of RNA wordt, zolang het geen cel heeft geïnjecteerd, beschermd door een omhulsel. Dit omhulsel heet een capside, ofwel een eiwitmantel. Een capside is opgebouwd uit meerdere capsomeren, wat je misschien het beste kan vergelijken als één schub in de mantel van het virus. Deze eiwitmantel beschermt het genetisch materiaal tot het virus zich heeft kunnen binden aan een infecteerbare gastcel. (Niet elk virus heeft een capside; het coronavirus wel)
  • Om de eiwitmantel heen zit (soms, niet altijd, maar wel bij het coronavirus) een 'virusenvelop'. Dit is een extra omhulsel om de eiwitmantel heen, en waarvan de 'huid' van deze envelop is gemaakt van een lipidenmembraan. Lipidenmembranen zijn ook wat de celmembranen van alle levende cellen maakt.
  • Wanneer een virus een virusenvelop heeft, zijn de antigenen (de 'Spike-proteïnen') op dit membraan aangebracht. Deze Spike-proteïnen zijn de antigenen die de antistoffen die je lichaam aanmaakt aanvalt. Deze Spike-proteïnen zijn de lange stengels/antennes/geef het een naam die je ziet op de illustraties van het coronavirus. (Wanneer een virus geen envelop heeft, maken deze proteïnen deel uit van de eiwitmantel)
Een zwakte ontdekken in één van deze schakels, kan een goede stap richting een medicijn zijn. Dus als we kunnen voorkomen dat één van deze onderdelen niet kan worden geproduceerd, dan zijn we al een heel eind richting een medicijn.

Het afweersysteem van je lichaam werkt met antistoffen en die antistoffen hebben één functie, namelijk hechten aan de (in de regel) unieke antigenen van het virus (de Spike-proteïnen). Hiervoor moet dus eerst infectie hebben plaatsgevonden, moet er een B-cel zich hebben gehecht aan het virus, moet deze B-cel zijn getransformeerd in een B-geheugencel en moet deze zich zijn gaan delen en moet een deel van deze B-geheugencellen zijn getransformeerd in een B-plasmacel. Antistoffen zijn 'eenvoudige' moleculen en een B-plasmacel produceert deze in grote getalen. Het vervelende is alleen dat het proces vanaf eerste detectie tot massaproductie van antistoffen ongeveer 4 tot 7 dagen duurt. Een enkele geïnfecteerde lichaamscel produceert duizenden virussen die elk op zoek gaan naar de volgende cel om te infecteren. Het lichaam heeft dus even de tijd nodig om de achterstand in te halen en dat is de periode waarin je ziek wordt.

Niet iedereen overleeft de consequenties van dit vrij lange tijdspad. Medicijnen zijn dan middelen waarmee de gevolgen van een virus kunnen worden geremd of worden beperkt, of waarbij de reproductie van dit virus wordt geremd of beperkt. Het is als een soort assistentie voor je immuunsysteem wat het op zichzelf niet trekt. Nonspecifieke medicijnen zoals Paracetamol of ibuprofen zijn medicijnen die niet zoveel met de ziekmaker zelf doen, maar verminderen de effecten ervan (remt ontstekingen, verlaagt de koorts, enz); dit zijn non-specifieke geneesmiddelen. Veel interessanter is om te kijken naar een specifiek geneesmiddel, wat daadwerkelijk het pathogeen zelf aanvalt. Eiwitten zijn dan bij uitstek een goed doelwit, want die zijn in de regel uniek per pathogeen.


Tot zover de extra achtergrondinformatie.

Het huidige project van Folding@home gericht op het coronavirus heeft tot op heden drie belangrijke resultaten opgeleverd:
  • Het RBD-domein van het coronavirus in complex met de ACE2-receptor
  • Een inhibiterend molecuul 'N3' in complex met het protease-eiwit van het virus
  • Het RBD-domein van het coronavirus in complex met het antigen-specifieke deel van een menselijk antistof
Het RBD-domein is het antigeen, het Spike-eiwit. Een complex betekent dat er een 3D-model is waarin het antigeen 'ingehaakt' is met de betreffende receptor. Dus punt 1 leert ons dat het coronavirus cellen aanvalt met ACE2-receptoren (deze worden vooral gevonden in cellen in de longblaasjes), en punt 3 leert ons wat de structuur is van de antistof die het virus onschadelijk kan maken.

Punt 2 is ook belangrijk; wanneer een viraal stuk RNA of DNA (RNA in het geval van het coronavirus) wordt gereproduceerd, bestaat het product uit één lange streng en zitten daar altijd extra stukjes aan of tussen. Protease zorgt ervoor dat deze extra stukjes van het product af worden geknipt, waarna het in een werkzaam eiwit kan worden gevouwen. Het is te vergelijken met een productieband, waar uit een stuk plaatstaal de losse vormen voor het eindproduct worden gestanst. Het plaatstaal is het gereproduceerde RNA, de stansmachine is het protease-enzym. Een inhibitor is een molecuul dat zich bindt aan het enzym en niet meer loslaat, waardoor het enzym 'kapot' gaat. Dit is een belangrijke ontdekking, want een inhibiterende stof maakt het onmogelijk om het virus uiteindelijk te assembleren.

Een bijzondere eigenschap van eiwitten is de 3-dimensionale structuur. Eiwitten zijn niet alleen een aaneenschakeling van aminozuren in een specifieke volgorde, maar naast die specifieke volgorde moeten de strengen ook nog een specifieke 3-dimensionale vorm aannemen om daadwerkelijk de functie te kunnen vervullen.

Over dit proces van het vouwen van eiwitten weten we eigenlijk heel weinig. In cellen weten we dat het over het algemeen geen actief proces is; terwijl het eiwit nog wordt opgebouwd in de ribosoom, begint het zich al te vouwen en te ontwikkelen tot de actieve, gevouwen vorm. Elk aminozuur in een eiwit heeft een bepaalde mate van bewegingsvrijheid en dat maakt dat er talloze mogelijkheden zijn om een eiwit te vouwen, die exponentieel toeneemt met het aantal aanwezige aminozuren. Een verkeerde vouw in het eiwit, en het verliest zijn functie. Belangrijker dus nog dan de bouwstenen waarmee het eiwit is opgebouwd, is te weten hoe, en in welke volgorde, deze aminozuren zich vouwen tot het uiteindelijke, werkzame eiwit.

Het proces waar Folding@Home deel uit maakt, is het beproeven van legio mogelijke 3D-structuren voor eiwitten en te kijken of deze in de simulatie een complex (binding) aangaan met elkaar. Dit is grotendeels een soort brute force attack met een behoorlijke educated guess, maar er zijn nog steeds miljarden, zo niet meer, mogelijke 3D-structuren te testen om uiteindelijk de best mogelijke receptormatch te vinden voor een bepaald eiwit. Met die informatie kan dan verder onderzocht worden wat de exacte aminozuur-sequentie is waaruit dit eiwit is opgebouwd, en op welke manier we hiervoor een synthetisch medicijn kunnen maken.

De huidige resultaten maken het vooral goed mogelijk om een serum te ontwikkelen: de ontdekking van Folding@home leert ons de eiwitstructuur van het spike-eiwit van SARS-CoV2, en het leert ons hoe de antistof eruit ziet die eraan hecht. Vervolgstappen kunnen zijn om onderzoek te doen of deze antistof synthetisch bereidt kan worden (daar ga ik niet vanuit), of dat we een gastcel kunnen injecteren met het RNA om antistoffen te gaan produceren. Het laatste komt vaker voor, en vaak worden E. Coli bacteriën 'besmet' met een (synthetisch) bereide streng aan RNA, waarna de bacterie de antistoffen begint aan te maken aan de hand van de RNA-blauwdruk waarmee we de bacterie hebben geïnjecteerd. Deze antistoffen kunnen we dan opvangen en testen op effectiviteit tegen het virus en mogelijke bijwerkingen.

[Reactie gewijzigd door naarden 4ever op 23 maart 2020 12:58]

Je hebt het bijna goed. :)

Het aantal mogelijke antigenen is haast eindeloos en je hebt dus waanzinnig veel B-cellen met unieke receptoren nodig om alle mogelijke pathogenen te herkennen en te bestrijden. Je lichaam heeft in de permanente strijd tegen ziekmakers een gigantisch breed scala B-cellen ('Naïve B-cel') in het lichaam, maar in hele kleine aantallen. Wanneer er een ziekmaker wordt ontdekt die 'past' op deze B-cel, begint die B-cel als een gek te vermenigvuldigen. Dat worden B-geheugencellen. Wanneer er voldoende B-geheugencellen beschikbaar zijn, zal een deel zich gaan specialiseren naar een B-plasmacel. B-plasmacellen maken antistoffen op grote schaal aan: 'kleine' eiwitstructuren van relatieve eenvoud. Antistoffen worden vaak weergegeven als een Y-vormige structuur: de twee korte armen bevatten specifieke receptoren voor de antigenen van de ziekmaker, de lange arm helpt om fagocyten aan te trekken, die vervolgens de ziekmaker omhullen en verteren.

Men spreekt van immuniteit wanneer een bepaalde ziekmaker eerder in het lichaam aanwezig is geweest en het immuunsysteem B-geheugencellen heeft aangemaakt tegen dat antigen. Deze B-geheugencellen kunnen enorm lang in het lichaam aanwezig zijn (als je eenmaal specifieke B-geheugencellen hebt, blijven die vaak voor decennia tot levenslang in het lichaam aanwezig in verhoogde aantallen). Bij een nieuwe infectie zijn de specifieke bestrijders (de B-cellen die 'weten' hoe het virus te bestrijden) reeds in grote aantallen aanwezig, waardoor de productie van B-plasmacellen direct van start gaat. Vaak merk je dan niet eens dat je besmet bent; je lichaam ruimt het virus dan op voordat je er ergen in hebt.
Met o.a. Folding@Home richten wij ons op de miljarden mogelijke eiwitstructuren totdat we er 1 of meer hebben gevonden die passen bij het virus en het verhinderen zijn gang te kunnen gaan.
Precies. Ik wil hier alleen even, aan de hand van je stellingname:
Om een virus tegen te werken is 1 van de opties om de eiwitschil die eromheen zit kapot te maken.
het volgende toelichten: het menselijk lichaam heeft in principe één route om een pathogeen de deur te wijzen:
  • herkenning (naive B-cel bij eerste infectie, B-geheugencel bij herinfectie),
  • productiecapaciteit bouwen (vermenigvuldiging B-geheugencellen en specialisatie B-plasmacellen),
  • troepen maken (B-plasmacellen produceren specifieke antistoffen)
  • verdrijven (fagocyten verteren de door antistoffen gemarkeerde en onklaar gemaakte ziekmakers)
Dit proces werkt uitsluitend door herkenning van het antigen van de ziekmaker; dat is de enige manier hoe ons lichaam ermee overweg kan. Maar er zijn meerdere mogelijkheden om een virus onschadelijk te maken die wij als mensen of die met medicijnen wel kunnen. Zo maakt zeep bijvoorbeeld het celmembraan van de virusenvelop stuk, en heeft Folding@Home nu een molecuul gevonden (inhibitor N3) die opzich het virus niet onschadelijk maakt of infectie bestrijdt, maar wel voorkomt dat het virus zichzelf kan herproduceren in een geïnfecteerde cel.

Folding@Home is in grote mate het virtuele proces doorlopen wat al die 'naive B-cellen' samen ook doen: trial and error. Het antigen van de ziekmaker is de sleutel, en alle naïve B-cellen zijn samen alle mogelijke sloten waar de sleutel mogelijkerwijs in past. Met Folding@Home proberen we eigenlijk hetzelfde te doen, maar dan door middel van een computersimulatie. Het blijkt alleen dat het in de computer lang zo eenvoudig nog niet gaat. Waarom precies weten we niet, maar het in elkaar zetten van het slot gaat miljarden keren fout, en slechts een enkele keer goed, zelfs al hebben we wel precies de juiste onderdelen. De volgorde waarin we de onderdelen in elkaar zetten, de hoeveelheid kracht die we gebruiken om de schroefjes aan te draaien zijn allemaal punten waarop het slot kapot kan gaan en waardoor de sleutel niet werkt. Al die kleine verschillende specificaties, dus de volgordes en de aandraaimomenten, zijn de 'vouwen' van het eiwit: er is maar één manier om het goed te doen, en de rest zorgt voor een niet-passend slot/eiwit.

(toevoeging: het is misschien belangrijk om ook even te vermelden dat een antistof, wanneer eenmaal gebonden aan het juiste antigen, niet meer loslaat. Het 'grijpt' het antigen vast en zorgt er dus voor dat dat antigen (dat Spike-proteïne) zich niet meer kan binden aan iets anders. Op die manier wordt het virus dus onschadelijk gemaakt. )

Daar stopt het werk van Folding@Home ook: het is uitsluitend bedoeld om de exacte specificaties, de bouwhandleiding als het ware, van de eiwitten te vinden die zich hechten aan de antigenen van de ziekmaker. Maar zodra dat bekend is, kunnen wetenschappers daarmee verder aan de slag in de zoektocht om, met die informatie, een specifiek medicijn te ontwikkelen.

Een van de mogelijkheden daarin is om een methode te vinden waarmee antistoffen kunnen worden geproduceerd die de handleiding volgen. Zo'n antistofpreparaat noemen we een Serum. een Serum toedienen is eigenlijk je immuunsysteem een stap voor zijn: je wacht niet tot je immuunsysteem de B-cellen heeft getraind en zelf antistoffen produceert in de B-plasmacellen, maar je injecteert de antistoffen direct waarmee je eigenlijk de taak van de B-plasmacellen overneemt.

Belangrijk om op te merken dus: een Serum (antistofpreparaat) is geen vaccin en helpt ook niet om je immuun te maken tegen de ziekmaker. Het is een middeltje waarmee direct de troepen het veld in worden gestuurd om het virus te bestrijden. Het Serum leert dus ook onze B-cellen niets, sterker nog: het maakt dat de B-cellen eigenlijk niets hoeven te doen. Het is een direct geneesmiddel, maar geen preventief middel.

Vaccins zijn preventieve middelen: het zijn preparaten van de ziekmaker zelf, maar dan in verzwakte vorm, een dode ziekmaker, of soms zelfs alleen maar de losse spike-proteïnen. Dit is dan bedoeld om ervoor te zorgen dat je immuunsysteem, zonder dat je lichaam daadwerkelijk besmet raakt met een ernstige ziekmaker, wél een immuunreactie opwekt, en dus wel B-geheugencellen gaan aanmaken die decennialang in je lichaam aanwezig blijven. Dit om ervoor te zorgen dat, mocht je ooit in aanraking komen met de échte ziekmaker, je immuunsysteem de ziekmaker direct herkent en gelijk kan beginnen met troepen maken, in plaats van dat je dan pas moet beginnen met het aanmaken van de eerste B-geheugencellen.

Daarin zijn serums en vaccins wezenlijk verschillend: vaccins zijn preventief, zorgen ervoor dat je lichaam bekend raakt met de ziekmaker zodat je het niet nog een keer kan oplopen. Serums zijn middeltjes waarmee een virus bestrijdt kan worden en zijn dus een geneesmiddel in die zin, maar een injectie met een serum maakt je niet immuun tegen de ziekte die het serum bestrijdt.

Ik hoop dat ik het zo duidelijker heb verwoord! :D
Puur uit persoonlijke interesse! Ik heb het VWO afgerond en was behoorlijk goed in biologie, en dan specifiek in genetica, zelfregulatie (waarin de stofwisseling en de eiwitsynthese van een cel worden behandeld). Ik heb overwogen om biochemie of bio-informatica te gaan studeren. Ik heb ook stages gedaan bij het RIVM en bij Genmab. Uiteindelijk heb ik toch gekozen om Mechatronica te gaan studeren omdat ik mezelf in een werksetting beter zie functioneren wanneer ik met mijn handen bezig kan zijn en kan ontwerpen (ik had op dat moment ook nog geen diagnose voor mijn ADHD, wat ook maakte dat ik het niet zag gebeuren dat ik gedisciplineerd genoeg zou kunnen zijn om een studie op WO-niveau te volbrengen. Ook dat is met de afgelopen twee jaar enorm veranderd). Maar ik moet zeggen, als ik dan weer zulke gigantische verhalen aan het schrijven ben kriebelt het toch wel weer een beetje... ;)

Microbiologie is overigens niet het enige waar ik mij enorm goed in heb ingelezen. Elders op tweakers schrijf ik ook Spotlight-reacties over accu's of straling. Sinds mijn derde jaar van de opleiding is het enthousiasme voor scheikunde en microbiologie weer enorm opgelaaid.
Kudos, hulde en dank. Ik kan je posts (muv de eerste) helaas niet met +3 beoordelen omdat we op elkaar reageren, maar dat verdien je zonder meer.
Om van DNA naar een werkend eiwit te gaan zijn er verschillende stappen berekening nodig. De eerste paar stappen zijn vrij makkelijk, maar als je uiteindelijk je rijtje bouwstenen hebt voor het eiwit, wordt het moeilijker. Deze bouwstenen, aminozuren, worden namelijk op een bepaalde manier opgevouwen (folding) in een 3D structuur. Deze 3D structuur bepaald welke aminozuren aan het oppervlakte van het eiwit liggen en ook de vorm, dat is van groot belang bij de functie ervan. Wij helpen mee om verschillende 3D structuren te berekenen.

[Reactie gewijzigd door mrmoos op 23 maart 2020 09:22]

No shit sherlock :+ ;)

Ik bedoelde natuurlijk; wat wordt er door onze CPU's / GPU's berekend en wat kunnen we daar uiteindelijk mee?
Bedankt voor je uitgebreide en heldere uitleg over het immuunsysteem bij virussen.

Je schrijft:
Vaccins zijn een van de meest zwaar gereguleerde producten in de Geneesmiddelenwet, en dat is maar goed ook, want je injecteert de lichamen van kleine kinderen, waarvan het immuunsysteem nog in ontwikkeling is, met een verschrikkelijke ziekte. Dan moet elke mogelijke twijfel over de veiligheid worden weggenomen. Dat maakt dat het waanzinnig lang kan duren tot een vaccin op de markt kan komen.
In hoeverre verandert dat wanneer het vaccin voornamelijk bij volwassenen wordt toegediend? Men zegt al dat kinderen veelal geen (levensbedreigende) klachten ontwikkelen bij een besmetting met covid-19. Het lijkt mij dan dat in eerste instantie de kinderen niet de doelgroep zijn voor een vaccin.
Bedankt voor de waardering. :)
In hoeverre verandert dat wanneer het vaccin voornamelijk bij volwassenen wordt toegediend?
Het uitgangspunt blijft natuurlijk gelijk: Een vaccin is bedoeld om je resistent te maken tegen een bepaalde ziekmaker, zonder dat je de ziekte dat de ziekmaker teweegbrengt daadwerkelijk krijgt.

Het maakt dan ook in essentie niet veel uit of je een vaccin bij een kind of bij een volwassene inbrengt. De reden waarom ik specifiek noem is omdat bij kinderen het immuunsysteem nog in ontwikkeling is. Het mechaniek van het immuunsysteem bestaat uit besmetting, herkenning, en bestrijding, waarna B-geheugencellen in het lichaam overblijven en de immuniteit verzorgen. Het grote verschil tussen volwassenen en kinderen daarin is dat een volwassen persoon al enkele tientallen jaren aan allerlei pathogenen is blootgesteld en niet vaak wordt besmet met een onbekend pathogeen. Kinderen daarentegen zijn om de haverklap ziek; die hebben voor heel veel ziektes waar volwassenen geen last van krijgen nog geen immuniteit opgebouwd. Dat maakt ook dat het immuunsysteem van een kind, zeker in de jonge jaren, haast permanent in behoorlijk aangeslagen toestand verkeert. Een kind is dan ook vaak heftiger ziek; hoge koorts (39 tot 40 graden) komt bij kinderen wel vaker voor, terwijl dat bij een volwassene uitzonderlijk is.

Maar nogmaals: het uitgangspunt blijft gelijk. Een vaccin is bedoeld om je, zonder symptomen, bloot te stellen aan een ziekmaker zodat je bij een echte besmetting reeds immuniteit hebt opgebouwd en je reeds B-geheugencellen hebt aangemaakt tegen de ziekmaker. Het is niet de bedoeling dat je daadwerkelijk de ziekte krijgt ten gevolge van een vaccin.
Men zegt al dat kinderen veelal geen (levensbedreigende) klachten ontwikkelen bij een besmetting met covid-19.
Ja, dat is hoogst uitzonderlijk, en de exacte reden waarom dat zo is blijft een raadsel. Vooropgesteld is dat kinderen minder vaak bestaande gezondheidsklachten hadden die de symptomen van CoViD-19 kunnen verergeren of levensbedreigend kunnen maken. Bijzonder genoeg laten de cijfers van de SARS uitbraak in 2003 en de MERS uitbraak in 2012 hetzelfde zien: kinderen lijken minder snel ernstige klachten te ontwikkelen van coronavirussen (SARS en MERS waren ook beide coronavirussen).

Het doet wat denken aan de waterpokken: een ziekte die de meeste kinderen zonder al te ernstige symptomen doorstaan. Wanneer de waterpokken pas op latere leeftijd voor het eerst voorkomt bij een persoon, zorgt dat vaak voor veel ernstigere symptomen en een sterk risico op ernstige complicaties zoals long- en hersenvliesontsteking. Maar SARS-CoV2 en waterpokken hebben verder niets met elkaar te maken.
Het lijkt mij dan dat in eerste instantie de kinderen niet de doelgroep zijn voor een vaccin.
Dat klopt; als er nu een vaccin op de markt komt, gaat het hoofdzakelijk bedoeld zijn om als eerste de risicogroepen immuun te maken, en kinderen horen daar voor dit virus niet bij. Maar dat is een uitzondering voor dit virus specifiek.

Voor alle andere ziektes waarvoor vaccins in het Rijksvaccinatieprogramma zijn opgenomen geldt dat de ziekte in welk levensstadium dan ook levensgevaarlijk kan zijn, en dan geldt: hoe eerder immuun, hoe beter. Ook belangrijk is om je te realiseren dat, wanneer een vaccin pas op latere leeftijd wordt toegediend, de groepsimmuniteitsgraad daarmee ook zakt. Er zijn immers meer kinderen die in de groep 0 tot 3 jaar oud vallen, dan dat er kinderen zijn die in de groep 0 tot 1 jaar vallen.
Goede post. Een aanvulling: Corona virus heeft geen DNA, maar RNA. Maakt voor het verhaal verder geen verschil.
Lockdown lijkt het toverwoord maar is dat niet. Je mag nog steeds naar je werk, je mag boodschappen doen, etc. Dus het grootste deel van je dagelijkse activiteiten blijven hetzelfde als nu. Als mensen gewoon een beetje nadenken is een lockdown niet nodig. Maar dat betekent wel dat mensen eigen verantwoordelijkheid nemen en dat is moeilijker dan anderen de schuld geven.
Er is wel degelijk een verschil tussen onze mildere lockdown vs de groepsimmuniteit bij jullie.
trouwens nu gaan ze ook de max 1.5m regel invoeren bij jullie. De lockdown volgt nog geloof me.
Eigen verantwoordelijkheid klinkt leuk maar is iets dat bewezen niet werkt. Standen in NL vol met mensen, tot zo ver eigen verantwoordelijkheid.
Je mag nog steeds naar je werk
Daar vergis je je in. Een lockdown zoals die in Nederland ons te wachten staat, betekent dat dat écht uitsluitend de kritieke arbeidsgroep, dus de winkelmedewerkers, de voedselvoorziening, enz. nog naar werk gaan omdat zij voorzien in de eerste levensbehoeften (en/of de infrastructuur die voor die voorziening noodzakelijk is). Alle andere sectoren, van bouwbedrijven tot autowasstraten, gaan dicht.
je mag boodschappen doen, etc.
Ja, maar er wordt wel op toegezien dat je niet 27 keer op een dag naar de supermarkt gaat. De uitwerking daarvan zal verschillen, maar het wordt geen plek om te socializen. Spullen pakken, afrekenen, en terug naar huis. Geen geleuter.
Als mensen gewoon een beetje nadenken is een lockdown niet nodig.
Als de afgelopen dagen één ding heel duidelijk hebben gemaakt, is dat een beroep op de individuele verantwoordelijkheid niet aankomt bij een te groot deel van de mensen. Dan maar het blik repressie openen, hoe spijtig dat ook is. Wederom geldt hier: een kleine groep idioten verpest het voor de rest.

Men blijkt helaas niet te begrijpen dat om een collectieve maatregel succesvol te laten zijn, ieder zijn individuele verantwoordelijkheid moet nemen. Maar het wordt meer gelezen als 'het grootste deel doet genoeg, dan hoef ik het niet te doen'. Als teveel mensen dat denken, krijgen we de praktijken zoals we dat afgelopen dagen hebben kunnen vaststellen.

Het is beschamend hoe slecht gedisciplineerd Nederland is.
Maar dat betekent wel dat mensen eigen verantwoordelijkheid nemen en dat is moeilijker dan anderen de schuld geven.
Precies, en als dat niet gebeurt, dan moet het maar zo.
Een complete lock-down is mijns inziens niet echt nodig. Een lockdown is leuk om besmettingen uit andere landen te voorkomen, maar het virus is toch al in ons land en de buurlanden.

Er zijn twee getallen die zeer belangrijk zijn:
1) de groeifactor, dus hoe veel meer nieuwe patiënten zijn er iedere dag? Vooralsnog zien we dat we de meesta dagen 1,15-1,25 keer zoveel nieuwe patiënten als de dag ervoor hebben. Als dat getal eenmaal onder de 1,0 zit, is het ergste voorbij.

2) de reproductiefactor: het aantal nieuwe patiënten dat de gemiddelde patiënt infecteert. Ook daar is het getal 1,0 een belangrijk keerpunt. Als we daaronder komen, wordt de ziekte vanzelf kleiner. Vooralsnog ligt die factor rond de 2-3.

Een complete lock-down is niet vereist, op voorwaarde dat we die twee getallen onder de 1 weten te krijgen. We hoeven dus ook niet iedere individuele besmetting te voorkomen om de ziekte compleet uit te roeien. Als we driekwart van de infecties voorkomen, komt de reproductiefactor onder de 1,0 (ervan uitgaande dat die factor 2-3 accuraat is).

Als we allemaal blijven denken dat het 'slechts een griepje' betreft, zal de situatie heel ernstig worden. Als we ons allemaal aan de maatregelen houden, zal de impact hoogstwaarschijnlijk te overzien blijven.

Hier is een zeer interessante video die dieper op de wiskunde van zo'n virus uitbraak ingaat: https://youtu.be/Kas0tIxDvrg
Een lockdown heeft niets met het buitenland te maken, het is om interne besmettingen te voorkomen!

Bij een lockdown mag je alleen nog de deur uit om boodschappen etc te kopen - dus niet zoals die duizenden [censuur] lekker naar het strand, park of natuurgebied te gaan. Anderhalve meter afstand houden is voor die plekken waar je heen moet, dus niet voor de lol heen gaat.

Het enige verschil is dat bij een lockdown ze consequenties aan het niet binnen blijven kunnen verbinden, helaas lijkt dit nodig te gaan zijn door allen die de huidige maatregelen niet kunnen of willen begrijpen en opvolgen.
Groepsimmuniteit is een slap excuus om de economie niet te veel schade aan te willen doen. Voor je groepsimmuniteit hebt opgebouwd zijn er al een x aantal doden.
Hoe makkelijk dat ook is om dingen te zeggen zoals "Kennelijk is de economie belangrijker dan mensenlevens", is de de realiteit helaas heel erg hard. Je kunt een land wel op slot gooien, maar voor hoe lang? Totdat er geen corona meldingen meer zijn in Nederland? Na 3 maand is dat in Wuhan nu eindelijk zover, en dan? Iemand gaat tanken in Belgie of Duitsland, hup besmet begint het verhaal weer opnieuw.

De hele harde realiteit is dat we een economie hebben die dingen voor ons betaald zoals bijstand, WW, AOW, ziekenzorg etc. Als we Nederland op slot gooien totdat er een vaccin is (en dat is op zijn minst pas over een jaar) dan zijn we als we daar uitkomen een failliet land, dan hebben we geen zorgstelsel meer, geen AOW en WW en niemand is immuun voor COVID19 en we hebben geen geld meer om vaccins te kopen voor 17 miljoen nederlanders.

Dit is de harde realiteit waar we mee te maken hebben, er is hier geen makkelijke uitweg in.
En nu doen we de economie niet veel schade aan? Als ze de economie hadden willen beschermen dan hadden ze vanaf dag één dat er een corona besmetting in Italië was geregistreerd de risico groep moeten isoleren. Dan kon de hele economie zo goed als door draaien.
Groepsinmuniteit wordt in Nederland met succes middels diverse vaccins gerealiseerd, is zeker geen slap excuus.
Groepsimmuniteit zonder vaccin is een utopie. Waar het om gaat is op dit moment niet ineens zo veel mensen ziek te hebben die medische hulp nodig hebben.

Daar heeft een lockdown wel degelijk zin voor, namelijk voor een periode breng je nieuwe besmettingen zo laag mogelijk.

Wat je wel krijgt bij een volledige lockdown is dat zodra hey wordt opgeheven is dat er weer haarden zullen opsteken. Daarom verwacht ik ook tot het vaccin er is dat er uiteindelijk een cyclus komt van 4 weken lockdown, 1 week soepelere lockdown wat zich gaat herhalen tot het niet meer nodig is.

Dit zodat de zorg niet ineens zo'n grote vraag op zich gericht krijgt en je toch nog wat activiteit behoudt.

*mening van een ongeschoold iemand dus nemen met een gigantische lading zout.
Een lockdown is niet om het virus uit te roeien; het dient primair om over 1-2 weken de druk van de ziekenhuizen af te halen.
Een lockdown is gewoon 1 van de maatregelen die kan worden getroffen om té snelle stijging van het aantal ziekenhuis patiënten tegen te gaan. Die maatregel gaat er vast wel komen en waarschijnlijk ook niet eenmalig. De bedoeling van al deze maatregelen zijn enkel en alleen om ons zorgsysteem niet te overbelasten. Helaas is het lastig in de schatten wanneer bepaalde maatregelen ingezet moeten worden en al helemaal niet te weten hoe vaak. Uiteindelijk is dit allemaal ongekend en (gedeeltelijk) experimenteel omdat we nog niet eerder zo’n situatie hebben meegemaakt.

Daarom hebben we echter experts die hierover beslissen. Het is als een busrit en de chauffeur is de RIVM. Die bepaalt waar en hoevaak we stoppen om even bij te komen.
Ja, die cijfers zijn weer te beïnvloeden via twee parameters:
1) het aantal personen waar een patiënt mee in contact komt
2) de kans dat zo'n contact tot besmetting leidt.

1 beïnvloed je door social distancing, quarantaine, werken vanuit huis etc.
Ook is dit te beïnvloeden door de lengte van de aandoening te verminderen middels het ontwikkelen van een medicijn.
2 beïnvloed je met name door afstand te houden en handen te wassen. Ook beïnvloed je dit door het hoesten te verminderen, wederom middels een medicijn.

Ja, ik kan ingaan op hoe tragisch de infectie is, hoe in Italië ouderen ziek worden, wegens triage niet behandeld worden, in isolement moeten blijven en traag, pijnlijk en eenzaam sterven en gecremeerd worden. Dat is echter niet de focus van de discussie; dat is namelijk de ontwikkeling van een medicijn en het inperken van de nieuwe besmettingen.
Een complete lockdown helpt om de idioten binnen te houden die nu nog overal massaal bijeenkomen. Natuurgebieden, bouwmarkten, milieustraten (afval), stranden, thuisfeestjes, met z'n vieren in de auto etc.. etc..

Gewoon 1 persoon per huishouden naar buiten voor hond uitlaten en boodschappen doen.

Als we niet luisteren komt er vanzelf een gebod. De regering heeft namelijk al genoeg gewaarschuwd. Telkens als er een waarschuwing komt met een dringend verzoek voor één ieder van de regering en die dan compleet wordt genegeerd door de idioten dan komt er vanzelf controle op door de uitvoerende macht; politie/marechaussee of misschien wel inzet van het leger.
Een lockdown is geen wiskundig principe. Het is vooral semantisch. Ieder land heeft weer z'n eigen invulling aan een lockdown. In feite zitten er ook weer geen hele grote verschillen tussen NL en België. Wat vooral zou helpen is groepjes mensen verbieden dichter dan 1.5m bij elkaar te staan. Een zogeheten lockdown is echt overbodig, vind ik. Inmiddels is de WHO het daarmee eens zo lijkt het. Ze spreken zich uit tegen zogeheten lockdowns. Laten we vooral nuchter nadenken en die maatregelen treffen die nodig zijn.

Veel mensen zijn voor een lockdown omdat ze zekerheid zoeken in onzekere tijden. Dan klinkt lockdown simpel en iets waar ze zich aan kunnen vasthouden. Maar zoals gezegd, er is geen definitie van lockdown. Het gaat erom dat je doelgericht de juiste maatregelen treft. Ik vind dat Nederland dit doet. Alleen sommige mensen zullen aangesproken moeten worden op fout gedrag en desnoods boetes uitdelen. Je wilt op dit moment ook niemand gevangen nemen. Let wel, een maatregel voor harde handhaving is simpel opgelegd. De uitvoering is een stuk complexer. De politie kan onmogelijk overal tegelijk zijn. En burgers onderling kunnen slaag raken omdat de ene groep vindt dat de andere groep regels niet naleven.

Rutte en het RIVM stellen dat er vanzelf op termijn groepsimmuniteit optreedt. Dit is feitelijk juist. Groepsimmuniteit is geen doel op zich, dat vindt Rutte ook niet. Maar ook hier, mensen zoeken graag vastigheid en willen de schuld bij iemand kunnen neerleggen, behalve zichzelf. Dan is Rutte een simpel doelwit. Dat is de psychologie die boven komt drijven als mensen onzekerheid ervaren en verklaarbaar gedrag. Daar zullen we de komende tijd mee moeten leven. En achteraf is altijd makkelijk praten, dan gaan we over een paar maanden ook weer zien, lezen en horen.

[Reactie gewijzigd door KoffieAnanas op 22 maart 2020 15:55]

Die titel zegt net het omgekeerde van wat KoffieAnanas zegt..

"Top WHO official says coronavirus lockdowns alone not sufficient;
As more governments adopt lockdown measures, a top World Health Organization official said on Sunday such restrictions alone are not sufficient to contain the coronavirus pandemic
"

Daar staat : Alleen maar lockdowns invoeren is niet genoeg.

Naast lockdowns zijn er nog meer maatregelen nodig om het onder controle te houden.

edit: Een kijk van twee virologen tov. groepsimmuniteit voor Corona:
https://www.vrt.be/vrtnws...psimmuniteit-coronavirus/

[Reactie gewijzigd door SmokingCrop op 22 maart 2020 19:33]

Precies. Een lockdown is een woord zonder inhoud.

Kortom, wat de WHO zegt. Het gaat niet om lockdowns (een lockdown uitroepen is niet genoeg), het gaat om de specifieke maatregelen die getroffen worden. Een lockdown uitroepen geeft een gevoel van schijnveiligheid.

Landen die een zogeheten lockdown hebben afgeroepen lopen extra risico. Die landen gaan op een gegeven moment verkondigen dat de lockdown over is. En gaan dan over op minder strenge regels. Echter, zodra de bevolking hoort dat een lockdown voorbij is, gaan ze massaal weer alles doen. Want, lockdown is voorbij.

Door de maatregelen zoals genomen door Nederland, en uitgelegd aan de bevolking, neem je de bevolking mee. Dan geldt zowel voor het opschalen, maar juist ook voor het afschalen.

Zoals gezegd, het gaat om de specifieke maatregelen. De WHO zegt helemaal niet dat landen een lockdown moeten invoeren, dat is namelijk een wassen neus. Het gaat om de specifieke maatregelen, die zijn het belangrijkst.

Bij een pandemie gaat het erom dat je vooral de replicatie onder de 1 brengt. Zonder maatregelen besmet gemiddeld 1 persoon 2 anderen. Als gemiddeld 1 persoon minder dan 1 ander persoon besmet, dan dooft de pandemie uit. De maatregelen zoals getroffen zoals geen handen geven, 1.5m afstand houden, etc zal moeten leiden tot een vermeerderingsfactor van veel lager dan 1.

Daarnaast is het cruciaal besmette personen te isoleren, en de personen met wie deze in contact is geweest ook te testen en ook te isoleren. Door met name het carnaval en mensen op vakantie in Italië is het aantal besmettingen zodaning geëxplodeerd dat deze maatregel nu lastig te hanteren is. Voor korte termijn wil je als overheid nu eerst controle en de besmettingen zo snel mogelijk omlaag krijgen. Daarna zul je individuele gevallen moeten isoleren.

NB. Helaas zijn er nog steeds tweakers die vinden dat alle maatregelen sowieso onzin zijn en dat er met de jaarlijkse griep meer doden vallen en dus dat het allemaal maar overdreven is. Ik denk dat we ons vooral daar zorgen om moeten maken...

[Reactie gewijzigd door KoffieAnanas op 22 maart 2020 19:57]

Bij mij in het dorp is het sinds de zomer niet zo druk op straat geweest. Ik begrijp het totaal niet wat deze idioten allemaal aan het doen zijn, kids zou ik nog kunnen begrijpen, maar het zijn voornamelijk volwasse dwazen die rond lopen als kip zonder kop. Ik woon met een kanker patient en ik heb me de afgelopen week hier zo aan geirriteerd
Ik woon in Rotterdam en het is hier echt rete rustig op straat...

Ik ben het met je eens dat de 'sense of urgency' wel wat hoger mag worden bij mensen.
Ik woon op 500m van de grens van Nederland. En alle binnen wegen zijn geblokkeerd en de hoofdwegen staat de politie. €500 boete. Ook staan er overal camera's. Dus hier bij ons is de grens goed dicht.
Ik begrijp je punt helemaal niet, snap zelfs niet waar je dit vandaan haalt.

Er is in België letterlijk niemand die ook maar een cent geeft om hoe het in NL gaat , laat staan dat er vanuit België officiële kritiek komt op NL/andere landen ( behalve dat ene ding met de brandstoftoeristen).

Nederland heeft nu eenmaal gekozen voor een radicaal andere aanpak, dat constateren wij als Belgen en verder is dat jullie eigen zaak. Het enige punt dat wij daaromtrent -terecht- maken is dat die andere aanpak geen vrijgeleide mag zijn voor Nederlanders om hier te komen doen wat ze willen, het is niet omdat het bij jullie nog mag/mocht dat dat hier ook het geval is.
Om het coronavirus te bestrijden, zijn de grenzen 24/24 tussen België en Nederland gesloten voor niet essentiële verplaatsingen.
Dat wil zeggen dat je enkel over de grens mag voor je werk en voor een medische of familiale noodzaak. Bezoek aan vrienden valt hier niet onder. Bezoek aan familie alleen uit noodzaak om assistentie te verlenen.

Gelieve geen onwaarheden zoals hierboven te verspreiden.
Nee, dan spreken we over een medicijn (symptoombestrijdend middel). Een vaccin zorgt ervoor dat immuniteit wordt opgebouwd doordat deeltjes van het virus in een vroeg stadium herkend worden wanneer het virus het lichaam binnenkomt. Bij een vaccin worden deeltjes van de ziekteverwekker of verzwakte vormen aan een persoon blootgesteld. Een vaccin zal alleen voordeel hebben bij personen die nog niet ziek zijn geweest door deze variant van het virus. Met dit medicijn kunnen symptomen van de ziekte veroorzaakt door het virus bestreden worden totdat het lichaam het virus zelf heeft uitgeschakeld.

[Reactie gewijzigd door Vraaggast op 22 maart 2020 15:33]

ik ben geen expert, maar als symptoonbestrijding is het niet effectief toch?
Eens een virus cel in je lichaamscel zit dan heeft kan het daarbinnen dupliceren en zichzelf kopiëren.

Dit is volgens mij (weer, een lekenmening) dus wel iets dat preventief werkt ipv reactief.

Iemand die wat beter is ingelicht en me kan corrigeren?
Virussen kunnen zichzelf niet dupliceren, het zijn geen bacteriën en dus ook geen cellen. Dus als je kunt voorkomen dat ze zich in 1 van je eigen cellen kunnen stoppen is dat wel zeker effectief.
Niet echt.
Een vaccin is een eiwit wat erg lijkt op een ziekteverwekker, maar je niet ziek maakt. Wel gaat je lichaam er mee ana de slag om antilichamen te maken tegen dat eiwit. Als de echte ziekteverwekker dan je lichaam in komt, herkent je lichaam dat en zal veel sneller antilichamen daar tegen kunnen maken.

Als ik het stukje van ikverhaar lees wordt er nu gezocht naar stoffen die lijken op de eiwitten die op jouw lichaamscellen zitten waar het virus aan hecht bij het binnendringen. Als je die stoffen injecteert in jelichaam, dan gaan die op de bindingsplaatsen van het virus zitten zodat het niet meer bindt aan je cellen. Afhankelijlk van het stofje krijg je dan een competittie tussen dat stofje en de eiwitten op je cellen.
Zo dringen er minder virussen je cellen in, wordt je minder ziek en heeft je immuunsysteem meer tijd om antilichamen te maken tegen het virus om het echt op te ruimen.
Zou je alsjeblieft een link kunnen geven over dat het zojuist gevonden virus eiwit? Ik wil graag mijn website bezoekers hierover inlichten en aansporen mee te doen met folding@home. Ik kon het nieuws zelf niet vinden.
Just an FYI, voor de gene die hier niet bekend mee zijn. Grid computing bestaat al tientallen jaren, BOINC is een goede client waar je veel projecten kan steunen. Rosetta@home helpt bijvoorbeeld ook mee voor COVID-19 protein folding.
Indien de "correcte" oplossing wordt "berekend" dan wordt dit een serieuze kandidaat voor medische wetenschappers vwb de genezing van COVID.

Er zijn wel verschillende "pogingen" voor nodig, en de berekening is "intensief".
Waarom komt er niet evenredig zoveel rekenkracht bij? met meer dan 10x het aantal users?
Naast zoals bovenstaand genoemd dat nu ook de minder krachtige systemen vaker zullen worden ingezet is er tevens een capaciteitsprobleem waar hard aan gewerkt wordt.
Op een normale dag haal ik met een 2080ti ongeveer 2.5 miljoen punten. Nu is dat ongeveer 1.7 a 2 miljoen. De kaart stast helaas vaak genoeg stil omdat hij geen werk krijgt.
Omdat niet iedereen een Core i9 of threadripper ter beschikking heeft. Ik zou zelf hoogstens mee kunnen doen met een i7-4770HQ. Prima CPU voor Dev werk, maar voor compute is het een ander verhaal.

Folding@home is van oudsher een project voor BioNerds geweest. Mensen die van computers houden en toevallig iets met biologie doen, of die het heel vet vinden om met hun Computerkennis bij te dragen aan gezondheidszorg.

Wat je nu ziet is dat jan en alleman met een computer ook mee gaan helpen, en dat kunnen dus inderdaad ook Celeron, APU's of Core M CPU's zijn.
Ik doe ook met mijn oude cpu en gpu's mee. Zou het helpen dat een oude Titan ook gemaakt is voor berekeningen buiten gamen?
Tuurlijk helpt het. Ieder beetje rekenkracht is mooi meegenomen. Een Titan is in dat opzicht ook geen magere videokaart of IGP. Daar kan je best nog wat werk mee verzetten.
Omdat de mensen die al redelijk at rekenkracht tot hun beschikken hadden dit waarschijnlijk al deden. Veel minder krachtige computers zullen nu ook meedoen.

Nog even een mooi iets van de nieuwste folding@home applicatie, je kan hem gewoon ook draaien tijdens het gamen. Het programma berekent alleen als de pc idle is, oftewel je hebt er geen last van.
Je kan instellen hoe zwaar die rekend, en of je het alleen als hij idle is of altijd.
Het gaat hier niet zozeer om het aantal gebruikers, maar ook om de gebruikte hardware. Niet iedereen heeft een even krachtige pc.

Waarschijnlijk waren het vooral enthousiastelingen (vermoedelijk met krachtige hardware) die aan folding deden. Dat is met de komst van het coronavirusproject ongetwijfeld wat meer 'mainstream' geworden.
Het werk moet ook verdeeld en gevalideerd worden
Waar blijven de bedrijven?
Kantoren vol computers die niet gebruikt worden.
Laat maar zien dat bedrijven vóór zijn zou ik zeggen!
Bij mij op kantoor ook maar het zijn allemaal thin clients...
Bij ons ook maar het zijn er wel 2000....
Genoeg kantooromgevingen waar de IT-infra dichtgetimmerd zit. En om nou juist wijzigingen uit te gaan voeren, met mogelijke storingen tot gevolg, tijdens een periode waarin we massaal thuis moeten blijven? Mm. Nee, dan maar niet.
Zelfde voor hogescholen waar pc-lokalen zijn met een 40-50 tal pc's die nu niks te doen hebben.
Hou er ook rekening mee dat dit niet zonder andere impact gaat. Al deze rekenkracht kost ontzettend veel energie en dat heeft natuurlijk ook weer impact op het milieu bv. De pc's die idle staan verbruiken vele malen minder stroom dan een pc die continue staat te rekenen.
Het milieu is altijd belangrijk...
Ik hoop dan ook dat de bedrijven die hun hardware lenen gebruik maken van groene stroom uit hernieuwbare bronnen.

[Reactie gewijzigd door _AvA_ op 22 maart 2020 23:41]

Jups, heb hem nu ook draaien. Naast thuisblijven is dit het weinige wat we kunnen doen denk ik...
Same here, gebruikt maar 50% GPU power, ik sla wel een dagje gamen over om te helpen ;-).
Is dit alleen voor gpus? Of ook voor cpus?
Momenteel, wat ik gelezen heb is dat als je alle ziektes doet dan gaat merendeels naar Corona.
Volgens Folding@Home is meer GPU kracht nodig dan CPU kracht.
Momenteel, wat ik gelezen heb is dat als je alle ziektes doet dan gaat merendeels naar Corona.
Volgens Folding@Home is meer GPU kracht nodig dan CPU kracht.
Dat komt omdat GPU cores veel efficiënter dit soort taken kunnen uitvoeren. :)
En dat maakte toen je vroeger nog kon kiezen dat iedereen de gpu client draaide en niet altijd de cpu client. Maar er zijn ook taken die enkel op een cpu uitgevoerd kunnen worden omdat deze te complex zijn voor een GPU. Het Corona onderzoek kan blijkbaar grotendeels op gpu uitgevoerd worden.
Van wat ik heb gezien betreft het voornamelijk GPU. Je kan in FAHcontrol je CPU uitschakelen als je alleen je GPU kracht wilt doneren. Dát is wat ik doe, gezien ik een GTX 1070 heb die wel redelijk wat kan folden maar ik liever niet m'n ouwe 6 core Xeon van bijna 10 jaar oud onnodig belast ('t is een 45nm part die enorm veel hitte produceert en stroom vreet... ik wil best helpen maar dát zou gewoon zonde van de stroom zijn). :)
Moet je n's naar de CUDA cores kijken (als je Nvidia hebt). Die gebruikt hij om te rekenen..
Voor AMD is het de noemer "Compute 1"
Taskmanager geeft een vertekend beeld, qua GPU usage.
Heb me hier op het forum laten vertellen dat wat Taakbeheer vertelt over je GPU niet altijd klopt. Ik had ook +-50 % belasting van m'n GTX 1050 in Taakbeheer, maar MSI Afterburner zegt dat hij 100 % belast wordt.
Mooi, net geinstalleerd, en me bij team 1288 Netherlands aangesloten !!
Inderdaad wel jammer dat er niet een alleen "Corona" optie is, alleen all diseases.

[Reactie gewijzigd door martijnmaas op 22 maart 2020 15:33]

Wel even aanmelden bij team 92, onze eigen Dutch Power Cows! }:O
Dutch Power Cows
Even snel info vraagje; hoe werkt de 'idle' optie hier? Wanneer wordt de pc als idle gezien? Geen acitiveit, muis beweging/browsen, extreem lichte game etc.
Zodra je de PC belast krijgt dat voorrang op de foldingathome service, wat dat ook is.
COVID-19 heeft wel de hoogste prioriteit in de Any Diseases lijst. Dus als er COVID werk is, krijg je het ;)
Let wel op dat de servers die de workunits uitdeelt, regelmatig kuren heeft door de vergrote populariteit van het project. Ben ook sinds een week begonnen maar heb tijdens het thuiswerken al meerdere keren gehad dat er wel verbinding met de servers gemaakt kon worden maar dat je simpelweg niets terug kreeg.
Er word momenteel overleg gevoerd (als ik ltt moet geloven) om meer servers neer te zetten met hogere doorvoer snelheden.
dus dit probleem word hopelijk minder, maargoed liever een bottleneck dan geen gebruikers,,
Als de server het niet aankan heb je Rosetta@home als alternatief. Die werken ook aan een oplossing voor het Coronavirus.
Ik help mee aan Folding@home tegen COVID-19 en zit wel bij team PCMR. Mooie cijfers in elk geval, maar ik mag mijn PC niet 24/7 laten draaien. 1 tip voor de makers:
Maak een app voor android en misschien IOS, je zult er veel gebruikers bij krijgen.

[Reactie gewijzigd door Ludwig005 op 22 maart 2020 20:22]

Er is ooit een f@h client voor Android geweest, door Sony ontwikkeld, maar daar is een paar jaar terug de stekker uit getrokken.

Ik ga de regeltjes nu even niet opzoeken, maar iets zegt me dat een iOS-versie nooit door Apple goedgekeurd gaat worden.
Rosetta@home heeft wel een Android versie maar is wel in beta.
folding@home heeft meer baat bij een gpu voor berekeningen
rosetta@home gebruikt je cpu voor berekeningen (via Boinc)

je zou alle twee tegelijk kunnen draaien als je zou willen
Er zijn wel andere BOINC projecten die de GPU gebruiken, zoals GPUgrid
Weet je zeker dat je ze gelijk kan draaien? Ik zie namelijk geen download voor Folding@home voor BOINC. (Vroeger volgens mij wel, zo heb ik BOINC ooit ontdekt)
Omgekeerd staat het ook niet bij de BOINC projecten.
folding@home zit niet op boinc alleen rosetta@home
folding@home heeft zijn eigen launcher en ik draai alleen met de gpu voor folding@home vanwege het meer baat hebben bij een gpu
om dit te wijzigen in folding@home ge je naar:
advanced control - configure - slots en dan de cpu slot verwijderen
zo kan ik dus folding@home op de gpu draaien en rosetta@home op de cpu tegelijk

hou er rekening mee als je dit mocht gaan doen dat je wel zorgt voor voldoende koeling en dat je voeding dit ook probleemloos aan kan
aangezien beide dan 100% worden belast

[Reactie gewijzigd door snarfj op 22 maart 2020 20:12]

Zorg ervoor dat je computer goed gekoeld is: belasting op de CPU is vergelijkbaar met stresstests als Prime95. M'n AMD 3900x gaat naar 75 graden op 4Ghz per core met een goede waterkoeling op max.

RTX 2080s gaat eveneens naar 75 graden.

GPU is alvast véél sneller dan CPU: zowat een factor 7 voor de workloads tot nu toe.

Folden maar!

[Reactie gewijzigd door TheBlackbird op 22 maart 2020 17:18]

75 graden is toch goed, die dingen kunnen toch tot 99 voordat ze throttlen en slijten?
Had er op mijn laptop idd last van, heb BOINC daarom gecapt op 50% tijd 50% kracht, blijft nu onder de 70 graden.
GPU lijkt wel goed te koelen, maar maakt dan zo'n herrie op 50% blijft hij onder de 70 graden.
Omdat het aantal geschatte credits op CPU alleen rond de 300.000 is en met GPU alleen ongeveer 2.100.000.


Om te kunnen reageren moet je ingelogd zijn


Apple iPhone 11 Microsoft Xbox Series X LG OLED C9 Google Pixel 4 CES 2020 Samsung Galaxy S20 4G Sony PlayStation 5 Nintendo Switch Lite

'14 '15 '16 '17 2018

Tweakers vormt samen met Hardware Info, AutoTrack, Gaspedaal.nl, Nationale Vacaturebank, Intermediair en Independer DPG Online Services B.V.
Alle rechten voorbehouden © 1998 - 2020 Hosting door True